中学2年生の早瀬真理は、何事にも一生懸命で元気な女の子。3年前に失踪した世界的科学者である父・永司からもらったペンダント・アーミラリーコンパスをいつも大切にしている。ある時真理は、親友の水城和花の兄・旬の部屋で、かつて永司の研究室で見かけた本(『磁石と電気の発明発見物語』)を見つける。真理は開いたその本からあふれたゆらぎに包まれて、タイムスリップしてしまうのだった。
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